La gamme Playmobil Micro propose un concept différent, rappelant quelque peu les jouets Polly Pocket : un petit coffret à emporter partout, qui s'ouvre pour jouer avec des éléments Playmobil aimantés au format micro. Chaque coffret représente un thème spécifique, et se compose de nombreux micro-éléments et de deux figurines Playmobil d'enfants en rapport avec le thème du coffret : le château de princesse, les pirates, les chevaliers, la ferme, l'aéroport... Les Playmobil Micro ne sont plus commercialisés depuis 2008, ces jouets sont aujourd'hui difficiles à trouver, tout du moins à des prix raisonnables.